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bem_app_config bem_app_config.f90

設定型・TOMLパーサ・実行時変換ロジックを束ねる後方互換ファサード。
bem_app_config_authoring bem_app_config_authoring.f90

Authoring overlay の公開入口。配列管理と領域別変換の入口を持つ。
   bem_app_config_authoring_domain bem_app_config_authoring_domain.f90

計算領域、境界、reservoir 設定の正規化と box の幾何条件。
   bem_app_config_authoring_geometry bem_app_config_authoring_geometry.f90

Mesh template の group、anchor、相対サイズを実座標・実寸へ変換する。
   bem_app_config_authoring_sources bem_app_config_authoring_sources.f90

粒子源の face_fraction 入力を注入面上の実座標へ変換する。
bem_app_config_authoring_types bem_app_config_authoring_types.f90

TOML authoring overlay の型と default。実行時設定への変換処理は持たない。
bem_app_config_mesh_runtime bem_app_config_mesh_runtime.f90

app_config から三角形メッシュを構築する実行時変換。
bem_app_config_parser bem_app_config_parser.f90

TOML設定ファイルを toml-f で読み込み、app_config へ反映する。
   bem_app_config_parser_finalize bem_app_config_parser_finalize.f90

設定の正規化と領域別 preflight の実行順を管理する。
   bem_app_config_parser_preflight_particles bem_app_config_parser_preflight_particles.f90

lint 済みの粒子種識別子と有効な粒子源の派生量を確定する。
   bem_app_config_parser_preflight_sim bem_app_config_parser_preflight_sim.f90

lint 済み設定の基本的な計算条件を確認し、時間と外部場を確定する。
   bem_app_config_parser_preflight_surface bem_app_config_parser_preflight_surface.f90

lint 済みの表面電流設定について、種の参照と物理モデルの成立条件を検査する。
   bem_app_config_parser_read_mesh bem_app_config_parser_read_mesh.f90

mesh.parts と template 用 group の TOML 読み取り。
   bem_app_config_parser_read_particles bem_app_config_parser_read_particles.f90

領域別の TOML 読み取り。意味検証と派生値の確定は preflight が担当する。
   bem_app_config_parser_read_sim bem_app_config_parser_read_sim.f90

領域別の TOML 読み取り。意味検証と派生値の確定は preflight が担当する。
   bem_app_config_parser_read_surface bem_app_config_parser_read_surface.f90

領域別の TOML 読み取り。意味検証と派生値の確定は preflight が担当する。
   bem_app_config_parser_validate bem_app_config_parser_validate.f90

lint 済みの設定から電場・流束・粒子重みを導出し、計算結果を検査する。
bem_app_config_particle_runtime bem_app_config_particle_runtime.f90

app_config から粒子源計画と粒子バッチを構築する実行時変換。
   bem_app_config_particle_runtime_batch bem_app_config_particle_runtime_batch.f90

バッチ注入 layout の global slot を rank に連続区間で割り振り、この rank の粒子を生成する。 各 slot は (batch, species, kind, face, index) の counter-based 乱数で生成されるので、 rank 数によらずバッチ全体の粒子集合は同じになる。
   bem_app_config_particle_runtime_sampling bem_app_config_particle_runtime_sampling.f90

電位障壁に応じた reservoir 注入速度の補正。
   bem_app_config_particle_runtime_slots bem_app_config_particle_runtime_slots.f90

バッチ注入 layout の構築と、layout 上の slot 1 つを counter-based 乱数で生成する処理。 layout は rank に依らない global 粒子数と面ごとの速度補正を持ち、static の rank 分割と shared の slot pool の両方がこれを基に粒子を作る。
bem_app_config_potential_runtime bem_app_config_potential_runtime.f90

粒子注入面とbox基準面の電位統計を評価する実行時変換。
bem_app_config_runtime bem_app_config_runtime.f90

app_config のメッシュ・粒子・電位評価を束ねる後方互換ファサード。
bem_app_config_types bem_app_config_types.f90

アプリ設定の型定義と、設定由来の粒子数計算をまとめるモジュール。
bem_boundary bem_boundary.f90

シミュレーションボックス境界（流出/反射/面内再配置反射/周期）を適用するモジュール。
bem_charge_ledger bem_charge_ledger.f90

batch 間の signed charge stock と移送 flux から電荷収支を集計する。
bem_checkpoint_contract bem_checkpoint_contract.f90

BEACH checkpoint metadata and transactional publication shared by output and restart code.
bem_collision bem_collision.f90

粒子軌道セグメントと三角形要素の交差判定を提供する衝突検出モジュール。
bem_config_helpers bem_config_helpers.f90

設定型のヘルパー関数。パーサに依存せず下位層から利用可能。
bem_config_layout bem_config_layout.f90

7グループの入力を既存の内部TOMLへ変換する。物理検証と既定値は既存readerが所有する。 公開入力は7グループ形式のみ。変換先のキーは内部readerの実装である。
bem_config_layout_paths bem_config_layout_paths.f90
bem_config_toml bem_config_toml.f90

TOML の基本型・固定長文字列・配列を検査して読み込む共通入口。
bem_constants bem_constants.f90

シミュレーションで使用する物理定数を定義する。
bem_coulomb_fmm_basis bem_coulomb_fmm_basis.f90

Coulomb FMM の multi-index と微分テーブル計算。
bem_coulomb_fmm_core bem_coulomb_fmm_core.f90

mesh_type や sim_config に依存しない Coulomb FMM コア API。
   bem_coulomb_fmm_core_eval bem_coulomb_fmm_core_eval.f90

bem_coulomb_fmm_core の評価 API ラッパ。
   bem_coulomb_fmm_core_state bem_coulomb_fmm_core_state.f90

bem_coulomb_fmm_core の state 更新 API ラッパ。
   bem_coulomb_fmm_core_build bem_coulomb_fmm_core_build.f90

bem_coulomb_fmm_core の plan 構築 API ラッパ。
bem_coulomb_fmm_eval_ops bem_coulomb_fmm_eval_ops.f90

Coulomb FMM 電場評価。
bem_coulomb_fmm_periodic bem_coulomb_fmm_periodic.f90

Coulomb FMM の periodic2 境界処理。
bem_coulomb_fmm_periodic_cache bem_coulomb_fmm_periodic_cache.f90

Versioned stream codec for cached periodic root operators.
bem_coulomb_fmm_periodic_cell_cache bem_coulomb_fmm_periodic_cell_cache.f90

periodic2 root operator のセル単位 cache の読み書きと排他。前計算の数値部分（bem_coulomb_fmm_periodic_root_ops） からファイル I/O とロックを分けたもの。呼ぶのは MPI root だけで、collective は使わない。
bem_coulomb_fmm_periodic_ewald bem_coulomb_fmm_periodic_ewald.f90

periodic2 cached operator生成用のEwald teacher。
bem_coulomb_fmm_periodic_nonzero_reference bem_coulomb_fmm_periodic_nonzero_reference.f90
bem_coulomb_fmm_periodic_nonzero_upper_vacuum bem_coulomb_fmm_periodic_nonzero_upper_vacuum.f90

上部真空領域で周期 k/=0 panel Fourier 和をsource/target因子へ分離する。
bem_coulomb_fmm_periodic_root_ops bem_coulomb_fmm_periodic_root_ops.f90

periodic2 root operator の前計算。
bem_coulomb_fmm_plan_ops bem_coulomb_fmm_plan_ops.f90

Coulomb FMM plan 構築と tree トポロジ前計算。
bem_coulomb_fmm_state_ops bem_coulomb_fmm_state_ops.f90

Coulomb FMM state 更新と upward/downward pass。
bem_coulomb_fmm_tree_utils bem_coulomb_fmm_tree_utils.f90

Coulomb FMM tree 構造の共通ユーティリティ。
bem_coulomb_fmm_types bem_coulomb_fmm_types.f90

Coulomb FMM コアで共有する型定義。
bem_counter_rng bem_counter_rng.f90

PCG64 による counter-based 乱数。実行順序・rank・thread に依存せず、(seed, counter, draw) だけで値が決まる。

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bem_electrostatic_snapshot bem_electrostatic_snapshot.f90

1バッチ内で固定する静電場 snapshot。
   bem_electrostatic_snapshot_eval bem_electrostatic_snapshot_eval.f90

bem_electrostatic_snapshot の局所電場・電位評価を実装する submodule。
   bem_electrostatic_snapshot_upper_fourier bem_electrostatic_snapshot_upper_fourier.f90

Deterministic geometry-only switch selection and real-charge monitoring.
bem_external_boundary_contract bem_external_boundary_contract.f90

局所 reservoir 流入と種別 kinetic 障壁を実行時契約へ正規化する。
bem_field_kernel_c bem_field_kernel_c.f90

C ABI wrapper for the simulator-independent Coulomb FMM field kernel.
bem_field_solver bem_field_solver.f90

粒子位置での電場評価を direct / treecode / fmm で切り替える場ソルバ。
   bem_field_solver_config bem_field_solver_config.f90

bem_field_solver の初期化・設定補助手続きを実装する submodule。
   bem_field_solver_eval bem_field_solver_eval.f90

bem_field_solver の電場評価と木走査ロジックを実装する submodule。
   bem_field_solver_fmm bem_field_solver_fmm.f90

bem_field_solver と FMM core の間のパネル幾何・電荷状態の更新を担う。
   bem_field_solver_tree bem_field_solver_tree.f90

bem_field_solver の octree 構築・更新とメモリ管理を実装する submodule。
bem_filesystem bem_filesystem.f90

Minimal POSIX filesystem operations: directories, atomic rename, advisory locks and the cache location. They hold no runtime state, so config, runtime and the periodic operator cache use them from core.
bem_importers bem_importers.f90

OBJメッシュを走査・解析し、内部 mesh_type へ変換するインポートモジュール。
bem_injection bem_injection.f90

粒子注入APIを責務別internal moduleから再公開する互換facade。
bem_injection_flux bem_injection_flux.f90

Maxwell reservoirの流束、macro粒子数、面速度sampling。
bem_injection_geometry bem_injection_geometry.f90

box面注入で共有する面軸と開口geometryの解決。
bem_injection_random bem_injection_random.f90

粒子注入で共有する乱数初期化と基本分布sampling。
bem_irradiation_cell_contract bem_irradiation_cell_contract.f90

照射実験の壁・周期軸・下端モデル。汎用 kernel はこの型へ依存しない。
bem_kinds bem_kinds.f90

倍精度実数と32bit整数のkind定義を集約する基盤モジュール。
bem_matching_plane_summary bem_matching_plane_summary.f90

summary.txt の外部シース（matching-plane）receipt のキー表。 summary の writer と checkpoint の loader が同じ表からキー名・順序・必須条件を取る。
bem_mesh bem_mesh.f90

三角形メッシュ幾何量(重心・法線・AABB・代表長)を前計算して保持するモジュール。
bem_mesh_identity bem_mesh_identity.f90

Ordered mesh identity for mapping saved element charges.
bem_mpi bem_mpi.F90

MPIの初期化・集約を抽象化し、非MPIビルドでは単一ランク動作へフォールバックする。
bem_outflow_spectrum bem_outflow_spectrum.f90

z-high を外向きに通過した電子の法線運動エネルギー [eV] を数える固定 bin。 sheath-model の既定の対数格子（[0, 1 meV) と 1 meV から 1 keV までの 24 bin/decade、計 145 bin）をそのまま使い、 外部シースへ渡す bin 放出源と、checkpoint に保存する外部源の両方がこの bin を使う。1 keV 以上は最後の bin に数える。
bem_output_writer bem_output_writer.f90

実行サマリ・最終CSV・履歴CSVの出力を担当するモジュール。
   bem_output_writer_files bem_output_writer_files.f90

メッシュ・電荷・電位・台帳のCSV出力。
   bem_output_writer_history bem_output_writer_history.f90

履歴ファイルの生成・再開とスナップショットの出力。
   bem_output_writer_summary bem_output_writer_summary.f90

実行サマリと再構築用メタデータの出力。
bem_panel_geometry bem_panel_geometry.f90

Ordered triangle geometry and exact Cartesian surface moments.
bem_panel_kernel bem_panel_kernel.f90

Analytic free-space P0 triangle potential, field, principal value, and jump.
bem_panel_quadrature bem_panel_quadrature.f90

Independent Coulomb potential/field correctness oracles for triangle panels.
bem_panel_self_terms bem_panel_self_terms.f90

On-surface P0 triangle potential and principal-value field integrals.
bem_panel_surface_sides bem_panel_surface_sides.f90

Resolve physical vacuum sides without changing ordered triangle winding.
bem_particle_stepper bem_particle_stepper.f90

同一時刻の粒子状態から、空間電場を中点評価した1ステップ候補を構築する。
bem_particles bem_particles.f90

粒子SoAデータ構造の初期化を提供するモジュール。
bem_performance_profile bem_performance_profile.f90

実行フェーズごとの壁時計計測と MPI 集約出力を担う軽量プロファイラ。
bem_periodic2_axes bem_periodic2_axes.f90

periodic2 の 2 軸周期設定（周期軸と周期長）を検証付きで解決する。 mesh の collision 準備と field solver の初期化が同じ規則を使う。
bem_periodic_checkpoint bem_periodic_checkpoint.f90

accepted batch 境界で二重化した定期チェックポイントを保存・解決する。
bem_periodic_shell_mean bem_periodic_shell_mean.f90

periodic2 の有限画像殻の面平均を、無限面電荷の平均場から差し引いた滑らかな残り。

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bem_periodic_zero_mode_c bem_periodic_zero_mode_c.f90

C ABI wrapper for the physical periodic zero mode.
bem_periodic_zero_mode_eval bem_periodic_zero_mode_eval.f90
bem_periodic_zero_mode_plan bem_periodic_zero_mode_plan.f90
bem_photoelectron_injection bem_photoelectron_injection.f90

光線追跡による光電子放出位置と速度のsampling。
bem_physics_config_types bem_physics_config_types.f90

場・periodic2・panel の型付き設定と旧 [sim] 設定の正規化を定義する。
bem_pusher bem_pusher.f90

荷電粒子の時間発展にBoris法を適用する運動方程式ソルバ。
bem_random_stream bem_random_stream.f90

逐次に引く PCG64 の乱数列（Fortran 組み込み random_number の置き換え）。

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bem_regularized_qr bem_regularized_qr.f90

Reusable column-scaled QR factorization for ridge-regularized least squares.
bem_restart bem_restart.f90

チェックポイントファイルの保存/復元を扱う補助モジュール。
   bem_restart_contract bem_restart_contract.f90

再開時のスキーマ・メッシュ整合性の検証。
   bem_restart_injection bem_restart_injection.f90

再開に必要なマクロ粒子端数の保存と復元（乱数は counter-based なので状態を持たない）。
   bem_restart_records bem_restart_records.f90

チェックポイントの統計・電荷・台帳の読み込みと形式検証。
bem_run_outputs bem_run_outputs.f90

主ループへ渡す出力先（history の unit と間隔、終了時のメッシュ電位）を 1 つの型にまとめる。 unit が -1 の history は書かない。CLI は root rank で writer を開いてこの型へ詰め、終了時に閉じる。
bem_runtime_modes bem_runtime_modes.f90

設定の文字列モードを実行時に一度だけ解決した整数 enum。 設定キー・summary・エラーメッセージの文字列はそのままにし、粒子・評価ループは解決済みの値だけを比べる。 文字列は parser/preflight が小文字化・検証済みなので、ここでは大文字小文字を区別しない比較で写すだけにする。
bem_secondary_emission bem_secondary_emission.f90

吸収に伴う SEE の収率・丸めと、OpenMP thread ごとの生成粒子 buffer。
bem_simulator bem_simulator.f90

吸着(insulator)モデルのメインループを実行し、電荷堆積と統計更新を行う。

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   bem_simulator_charge bem_simulator_charge.f90

電荷差分の確定反映、表面電流補正、バッチ電荷台帳を実装する。
   bem_simulator_io bem_simulator_io.f90

bem_simulator の進捗表示と履歴出力を実装する submodule。
   bem_simulator_loop bem_simulator_loop.f90

bem_simulator の主ループと粒子処理計算を実装する submodule。
   bem_simulator_particles bem_simulator_particles.f90

バッチ粒子の生成と追跡を実装する。連成反復と受理判定は主ループが管理する。
   bem_simulator_stats bem_simulator_stats.f90

bem_simulator のバッチ集計・統計更新処理を実装する submodule。
bem_simulator_workspace bem_simulator_workspace.f90

シミュレーション実行中に再利用するバッチ作業配列を管理する。
bem_sorting bem_sorting.f90

In-place O(n log n) heapsorts shared by plan builders.
bem_status_codes bem_status_codes.f90

粒子追跡の失敗 status code と、その名前。 collision query（0–4）と粒子 step（1001–）は result の status と失敗 receipt に出る同じ名前空間で、 box 境界 event（0–1）は stepper の内部で particle_step_invalid_boundary へ写される。値はログと出力に出るので変えない。
bem_string_utils bem_string_utils.f90

ASCII 文字列操作ユーティリティ。
bem_surface_closure_contract bem_surface_closure_contract.f90

シミュレータが外部の表面電流モデルから受け取るモデル非依存の境界契約。
bem_surface_current_model bem_surface_current_model.f90

外部モデルから species 別の固定表面電流を解決する。
bem_surface_models bem_surface_models.f90

表面モデルごとの電荷更新後処理を扱うモジュール。
   bem_surface_models_conductor bem_surface_models_conductor.f90

bem_surface_models の浮遊導体電荷再配分を実装する submodule。
bem_templates bem_templates.f90

平面/穴あき平面/円板/リング/箱/円柱/球（UV・icosphere）テンプレートから三角形メッシュを生成するユーティリティ。
bem_triangle_quadrature bem_triangle_quadrature.f90

Triangle cubature rules and Gauss-Duffy quadrature plans.
bem_types bem_types.f90

シミュレーション設定・統計・メッシュ・粒子・衝突情報の主要データ型を定義する。
bem_version bem_version.F90

BEACH build metadata stamped by build.sh.
bem_zhao_outflow_refresh bem_zhao_outflow_refresh.f90

zhao_stationary の外部シース源を、matching plane で観測した PE 流出から定期的に解き直す弱連成。

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module~~graph~~ModuleGraph module~bem_app_config bem_app_config module~bem_app_config_parser bem_app_config_parser module~bem_app_config->module~bem_app_config_parser module~bem_app_config_runtime bem_app_config_runtime module~bem_app_config->module~bem_app_config_runtime module~bem_app_config_types bem_app_config_types module~bem_app_config->module~bem_app_config_types module~bem_physics_config_types bem_physics_config_types module~bem_app_config->module~bem_physics_config_types module~bem_string_utils bem_string_utils module~bem_app_config->module~bem_string_utils module~bem_app_config_authoring bem_app_config_authoring module~bem_app_config_authoring_types bem_app_config_authoring_types module~bem_app_config_authoring->module~bem_app_config_authoring_types module~bem_app_config_authoring->module~bem_app_config_types module~bem_kinds bem_kinds module~bem_app_config_authoring->module~bem_kinds module~bem_app_config_authoring_domain bem_app_config_authoring_domain 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